财务处现设6个科室，分别是：财务管理科、出纳科、核算一科、核算二科、资源管理科、基础教育中心财务部，具体工作职责如下：

财务管理科：负责学校教育事业经费和科研经费预算管理和监督工作，开展绩效评价；组织开展经济活动分析，为学校准确提供各类财务信息；管理全校的会计事务；负责财务档案及固定资产管理；负责处内办公室日常事务性工作。

出纳科：负责学校货币资金管理，办理现金收付业务、各类银行结算业务、财政资金结算业务和银行贷款业务等。

核算一科：负责学校教育事业经费、科研经费、基本建设经费、代管团费、代管党费、各类往来结算经费的会计核算，负责财政资金的支付工作，负责定期清理各单位债权债务情况，负责编制部门决算、财务报表，协助其他单位填报各类财务数据，开展财务分析和财务监督等。

核算二科：负责学校交通运输服务中心、接待服务中心、修建中心、饮食服务中心、学生公寓勤工助学超市、校医院、工会、校友会、教育发展基金等单位的会计核算，负责编制相关单位财务报表，开展财务分析和财务监督等。

资源管理科：负责学校本部及基础教育中心收费工作，负责学校收费项目年审及申报，负责学校事业收入核算，负责开具财务票据及校园一卡通工作。

基础教育中心财务部：负责内蒙古农业大学附属中学和幼儿园的会计核算，负责编制单位财务报表，开展财务分析和财务监督等。